吴三桂杀害永历帝后，清顺治帝给他很重的夸奖，封他做平西王，让他镇守云南、贵州，给他许多特权，统领两省的文武官员，可以随意任免官员;处理军民一切事务，还可以开矿山，煮井盐，铸造钱币，清廷每年还要拨给他饷银九百多万两，占了国库的很大一部分。吴三桂自恃功高，在云南称王称霸。

　　公元1662年，顺治帝去世，才八岁的康熙帝即位。顺治帝临死前有遗诏，命鳌拜等四个满洲大臣做康熙的辅政大臣，帮助处理国家大事。鳌拜立过战功，手握兵权，根本不将小天子放在眼里，更不愿意与其他三个辅政大臣商量，什么事儿都独断专行。甚至到康熙帝年满十四岁亲自执政以后，他还把持朝政，敢执政堂上诬陷辅政大臣苏克萨哈，逼迫康熙帝违心地将苏克萨哈处死。

　　鳌拜成为康熙帝头一个心腹大患，成为康熙帝要消灭的一个目标。但宫中卫士多是鳌拜遴选的亲信，不能信赖。康熙帝就借口要演习摔跤，从贵族子弟中，遴选十多个棒小伙进宫，陪他摔跤。暗地里却给这些小同伴作了布置。一天，鳌拜大摇大摆地走进内宫时，宫门突然之间之间之间关闭，他自己的卫士被隔离在宫门外，十多个身强力壮的少年，突然之间之间之间跳出来，将他团团围住，拽手的拽手，扳脚的扳脚，将他摔倒在地，捆绑起来。接着，康熙帝下诏宣布鳌拜的罪过，将他投入监狱。

　　消灭鳌拜后，就该减缓吴三桂的问题了。事先，骄横跋扈的藩王，不止吴三桂一个。广东有平南王尚可喜，福建有靖南王耿仲明、耿精忠。他们都是早期投降清廷的原明朝官员。因为跟随清军入关打农民军，打明朝军队，打反清义师卖力，立了“大功”，受到清朝的夸奖，都有许多特权，因而非常骄横起来，不再肯服从清朝的指挥，妨碍清廷政令的统一，成为潜伏着的新国家的特大祸害。这三个藩王，被称为“三藩”。

　　康熙帝深感三藩危害的严重性，他将“三藩”与治理黄河、办理漕运作为三件最主要的国家大事，写成字条，悬挂在宫殿的柱子上，天天念叨。他一向在苦苦思考，找个什么办法，削弱并消灭“三藩”。

　　“三藩”也深知清廷对他们的不信赖，迟早会对付他们，但一时还吃不准会采取什么措施，严厉到什么程度。他们心怀鬼胎，要试探一下朝廷的态度。平南王尚可喜老了，就上了一道奏章，请求告老还乡，但要求将王爵传给儿子，持续带兵镇守广东。康熙帝也想借此机会试探“三藩”对撤藩的承受程度，就顺水推舟，批准尚可喜告老还乡，但要撤销靖南王府，王爵不能承当。理由是广东安定，不必再设藩王镇守。

　　这个答复，深深震撼三家藩王。吴三桂一面抓紧预备造反，一面邀靖南王耿精忠一道再上奏章，请求康熙帝同时将“三藩”都撤掉。接到奏章，康熙帝冷笑说：“他们竟想威胁我!”就交给议政王大臣聚会会议讨论，大臣们意见不统一，有主张撤的，有主张不撤的。最终康熙帝决定，这些藩王掌握兵权太久，拖得越久，越不轻易减缓，索性一次减缓，三藩都撤，将一切人员、兵马迁到关外去。

　　吴三桂本意是希望康熙帝会作出些挽留的姿态，他们就顺水推舟留下来。谁知康熙帝会这样决断，他又惊又恨，决定起兵造反。公元1673年夏历十一月，吴三桂杀掉云南巡抚朱国治，发布讨伐清廷的檄文，自称“总统天下水陆大元帅，兴明讨虏大将军”，并写信与平南王、靖南王及各地老部下，另有台湾的郑经，要他们共同起兵造反。

　　吴三桂宣布规复明朝的发饰、服装，革除满洲的习俗，要替明朝报仇雪耻。但是，他引清兵入关、绞死永历帝的斑斑劣迹如在眼前，人们怎能相信他“兴明讨虏”的宣传?他的造反，完全是个人野心所致。

　　不过，对清王朝高压政策长久感到愤怒的人们，依然找到了一次抒发胸中闷气的机会，所以，头几年内，许多地方都起兵响应，大半个中国都沸腾起来，清廷的统治奄奄一息。吴三桂的兵马打到了湖南、江西。

　　康熙帝临危不惧，休止执行耿精忠、尚可喜两藩的撤藩命令，将他们从造反行列中暂时分化出来，孤立吴三桂;同时迅速调兵遣将，阻挡吴三桂的进攻。

　　因为吴三桂在军事上犯了错误，他的军事守势持续了几年就休止了。双方在西北、西南、中南、华南相持了八年。公元1678年，吴三桂七十八岁，等不及了，在湖南衡阳匆匆忙忙地登上天子宝座，国号大周。可是到这一年秋天，他就病死了。

　　此后，形势大变，清军的进攻越来越凶猛。到公元1681年，清军攻下昆明，吴三桂的孙子吴世自杀，“三藩”的叛乱终于彻底平定。